Los Yacarés de día se tienden al sol, a la orilla de los ríos y en los bordes de los pantanos, lo que le permite controlar y mantener su temperatura corporal. Durante las noches se muestran más activos, momento en el que salen a cazar.
En invierno, sólo se asolean en días que el sol brilla con mucha intensidad. El resto del tiempo se mantienen sumergidos, dado que la temperatura del agua es superior a la del aire. En cambio, en primavera y otoño, el período de asoleamiento se prolonga por varias horas. Mientras que en verano, la situación se modifica radicalmente ya que el sol se torna peligroso, por lo tanto la exposición es muy breve.
La época de celo y apareamiento comienza en primavera. En estos momentos, pueden presentarse violentas peleas entre los machos, donde muchas veces finalizan gravemente heridos.
Al tiempo de finalizada la cópula, la hembra comienza con el armado del nido utilizando la vegetación del entorno. Forma montículos de casi 1,50 m de diámetro y en su centro excava un hueco, donde colocará los huevos. Puede llegar a poner entre 20 a 40 huevos blanquecinos y rugosos. Luego, por encima de ellos, ubicará materia orgánica en descomposición. Esto producirá el calor necesario para la incubación de los huevos, mientras que la hembra permanecerá cerca de ellos para resguardarlos de los depredadores como el hurón mayor, caranchillo, lagartos y machos de su misma especie.
Alrededor de 2 meses después de la postura nacen las crías. Los recién nacidos poseen un diente de huevo en la punta del hocico, una herramienta que les permiten romper el cascarón grueso del huevo y que después de unos días de nacidos se cae. Desde el momento de nacer (y a veces desde antes de salir del huevo) las crías emiten gruñidos roncos. La madre que se mantiene siempre cerca del nido, acude a este llamado y quita el techo de tierra y ramas que cubren la nidada, así los recién nacidos pueden abrirse paso hacia la superficie. La madre se encargará luego de conducirlos hasta el agua y continuará protegiéndolos hasta, al menos el año de vida.
Sus predadores naturales son: la garza mora, la cigüeña americana, el yabirú y el hocó colorado para las crías; la boa curiyú para los juveniles y el yaguareté para los adultos.