El Hipopótamo posee características en la anatomía de la cabeza que le permiten vivir en el agua. Cuando se sumerge las orejas pequeñas, muy móviles, y los orificios nasales, se cierran herméticamente accionados por diferentes músculos, pero los ojos permanecen abiertos.
Los orificios nasales, los ojos y las orejas están situados en la parte superior del cráneo en una misma línea. Esto permite al Hipopótamo descansar sumergido con los órganos de los sentidos al ras del agua, pudiendo captar perfectamente los ruidos, las emanaciones olfativas o la figura de sus competidores.
La piel desnuda y gruesa, suavemente lubricada, tiene debajo una capa de grasa (subcutánea) de 5 cm. de espesor que protege los órganos vitales del animal. La piel es suave y elástica, de color gris oscura cuando está limpia y húmeda, pero seca parece más clara, pues adquiere el tono del barro que la recubre. Tienen, bajo la dermis, unas glándulas distribuidas por todo el cuerpo que segregan casi continuamente un líquido viscoso de color rojizo. Posiblemente los proteja de las radiaciones ultravioleta. La piel es muy sensible y se cuartea si se expone directamente a la luz solar por mucho tiempo.
La boca del Hipopótamo puede abrirse hasta 120°. Los incisivos inferiores son orientados hacia delante, pueden alcanzar un metro de longitud y siguen creciendo durante toda la vida. Los caninos, que están muy desarrollados, se mantienen afilados refregándose entre sí. Si se pierde uno de ellos, su compañero continúa creciendo en espiral y esto puede perjudicar seriamente su alimentación. Los dientes que le permiten triturar el alimento son los premolares y molares y poseen 6 en cada mandíbula.
Es curioso saber que la palabra Hipopótamo significa “Caballo de río” en latín. Esto se debe a que este animal no nada, sino que camina o cabalga bajo el agua de los ríos. No pueden flotar y los que se ven en la superficie están realmente parados en una parte más alta o directamente acostados.
